1、柠檬籽种出小盆栽，首先选种是关键。要选用已充分成熟的柠檬，不能选用没有熟透的，因为这种果实的种子发芽率比较低。然后剥出饱满粒大且完整的柠檬籽。
2、用清水将柠檬籽上面残留的果肉和汁液清洗干净，不能有残留。清洗时需注意不能弄伤它的出芽点，即种子微尖的部分。再把它们放入清水中浸泡，每天换一次水，大约7天左右就能发芽。
3、由于柠檬喜欢温暖湿润的环境下生长，而且喜欢排水性良好。将催芽后的柠檬籽放入盆内，然后在壤表面铺盖一层粗砂，浇入适量的水分，保持壤湿润即可。 栽种后约一周左右就能长出小苗，等再生长一段时间后需进行间苗，把一些生长细弱和较浓密的小苗拔掉，以保证养分能集中供给，小苗生长更好。
4、如果柠檬盆栽养护的好，来年柠檬树苗就可以长高至与其他花卉植物相当的规模，此时养护方法也和其他绿植一样，为它施肥剪枝，浇水除虫，更换更大的盆。